Недавно в отделе генетики Медицинской школы Гарвардского университета, в лаборатории, которая носит название Reich lab, выступал известный французский археолог Оливер Лемерсье, специалист по европейским культурам каменного века (неолиту), и, в частности, культуре колоколовидных кубков. Цель приглашения понятна – Рейх и его сотрудники, которые занимаются геномными исследованиями в области популяционной генетики (лаборатория имеет второе название – лаборатория медицинской и популяционной генетики), обратили внимание на культуру колокол� �видных кубков, и для интерпретации геномных данных ископаемых ДНК соответствующего периода им нужны были направляющие положения археолога.
Это конечно, разумный подход, правда, в нем есть ловушка, в которую постоянно попадают «широкогеномные» попгенетики, и она, эта ловушка, имеет принципиальный, и даже фундаментальный характер. Проблема в том, что «широкогеномные» данные в том виде, в котором их выдает компьютер (а «вручную» с ними работать невозможно, там комбинации сотен тысяч и миллионов снипов, то есть необратимых мутаций в ДНК), сами по себе малоинформативны, они показывают «похожесть» с некими «референсными» геномными показателями, или друг с другом. Надо понять, что «по� �ожесть» – это результат сравнения «облаков» снипов, а «облака» состоят из совокупностей снипов, усредненных на основании критериев, которые закладываются в компьютер самими исследователями. Как совершенно ясно, «похожесть» – понятие весьма неопределенное, на него влияют множество факторов, которые можно подразделить на три основные категории – это похожесть по действительному происхождению, похожесть по случайному совпадению, у которой нет никакой разумной основы, и похожесть потому, что она обязана быть в любом случае, потому � �то геномы людей в принципе во многом похожи, они имеют одни и те же (или похожие) гены, для выполнения одних и тех же функций в организме человека. Более того, геномы людей более чем на 90% совпадают с геномами приматов – и потому, что имеют общих предков миллионы лет назад, и потому, что снипы обычно необратимы даже в течение миллионов лет.
В итоге, все эти факторы суммируются и усредняются, и получившийся результат подвергается разложению на компоненты, которым придается смысл «числа общих предков», один для каждого компонента. Сколько общих предков захочешь, на столько и разложишь, столько компонентов и получишь. Обычно число таких компонентов, обозначаемых обычно индексом К, фиксируют от 3 до 14, и компоненты раскрашивают на получаемых «развертках» разными цветами.
Читать запись полностью. Трансляция подготовлена blogger crossposter
Комментариев нет:
Отправить комментарий